舞鶴国際交流協会には、現在、下記の6つの部会があります。 MIAの活動はこの6つの部会が中心になり行われています。
運営委員会 (各部会相互の情報共有機関及び部会をまたがる事業の調整等)
理事会 (協会運営機関(予算配分、事業実施等))理事長(代表)、理事(各部会代表、識者)等)
総 会 会員による意思決定機関(予算、年間事業計画等)